NATURA 2000 est un outil au service de la conservation du patrimoine naturel. La Vallée du Dessoubre, de part ses richesses faunistique et floristique, a tout naturellement rejoint en 2006 le réseau européen Natura 2000.
Ce réseau, qui couvre aujourd’hui 18 % du territoire européen (13 % en France), a pour ambition de veiller à la conservation des habitats et des espèces d’Intérêt Communautaire Européen, en application des Directives « Habitats, Faune, Flore » et « Oiseaux ». Sa désignation est le fruit d’une volonté territoriale, rassemblant collectivités, usagers, et partenaires locaux. Ensemble, ils s’engagent dans une meilleure prise en compte des enjeux liés à la biodiversité dans leurs activités.
L’EPAGE, structure animatrice Natura 2000, intervient depuis 2012 pour sensibiliser aux enjeux du site et promouvoir la démarche auprès des acteurs locaux.

Un bassin versant ou bassin hydrographique est une portion de territoire délimitée par des lignes de crête (ou lignes de partage des eaux) et irriguée par un même réseau hydrographique (une rivière, avec tous ses affluents et tous les cours d’eau qui alimentent ce territoire). A l’intérieur d’un même bassin, toutes les eaux reçues suivent, du fait du relief, une pente naturelle et se concentrent vers un même point de sortie appelé exutoire.
Dans un bassin versant, l’eau se fraye donc des chemins sur et dans les sols, ce dernier point étant notamment le cas sur notre territoire fortement marqué par des circulations souterraines dans les karsts. Lors de son parcours, l’eau se charge en particules : sédiments, matière organique, produit chimiques, …
Sur un bassin versant, l’occupation du sol, les activités humaines et les aménagements conditionnent les chemins de l’eau et donc sa qualité à l’exutoire du bassin, les actions en amont se répercutent en aval, la multiplication de petites perturbations entraîne de grandes dégradations sur l’ensemble du bassin.
Aussi, sur un bassin versant, le ruissellement, l’érosion des sols, le lessivage des intrants agricoles, les inondations, … peuvent être fortement accentués ou diminués par des aménagements inadaptés (seuils et barrages notamment), une mauvaise gestion des milieux (des milieux dégradés par les micropolluants, les nutriments domestiques, agricoles, …), des pratiques à risques, …

Le karst est souvent défini, à tort, uniquement comme un type particulier de morphologie. Or le paysage du karst résulte des écoulements souterrains particuliers qui se mettent en place progressivement dans les roches carbonatées (calcaires et dolomies) et dans les roches salines (gypse et parfois sel gemme). Le karst est donc également un aquifère puisque l’eau souterraine est totalement impliquée dans sa formation et dans son fonctionnement. Ainsi, le karst est constitué par un ensemble de formes souterraines et de surface et de conditions d’écoulements souterrains, qui interagissent les unes sur les autres.
Dans ces roches, la dissolution et l’écoulement souterrain créent des conduits parfois pénétrables par l’homme. Ces conduits sont organisés en réseau hiérarchisé de l’amont (les points d’infiltration d’eau dans la roche) vers l’aval (la source). En dehors du réseau karstique, les vides dans la roche sont constitués par des cavités et par les discontinuités de la roche (fissures, fractures, etc plus ou moins élargis par la dissolution). Tous ces vides sont plus ou moins connectés hydrauliquement aux conduits. Cette organisation (= réseau karstique ou réseau de drainage) se fait à la manière de celle des fleuves et des rivières, en fonction de la pente générale et de la résistance opposée par la roche (perméabilité), elle peut être plus ou moins linéaire et simple, ou très complexe.